Vers la fin du 19 ème siècle, le monde est envahit par des démons : les Akumas. Dirigés par le Comte Millénaire, les Akumas occupent le corps des gens envahit par la tristesse et le désespoir. Pour faire face à cette menace, une organisation secréte tente d'empêcher cette invasion : les Prêtres Noirs, ou Exorcistes. lES akumas sont des créatures issu de la noirceur humaine mais aussi de la mécanique du Comte... Aidé des Noah celui-ci tente de s'emparer du cristal divin....

La prophétie

Cette histoire n'est connue que des Prêtres Noirs, du Vatican et du Comte Millénaire.
Un cube fut trouvé il y a des milliers d'années. Le contenu de ce cube était un ancien proverbe qui donnait les instructions pour l'utilisation d'une certaine matière, dont ce même cube était composé.
Ce Cristal Divin est l'Innocence, que son créateur utilisa pour battre le Comte Millénaire.
Cela se passa il y a 7000 ans, et le monde fut détruit après le combat.

S'en suivit les « 3 jours des ténébres », qui correspondent au déluge de la Bible, qui divisèrent l'Innocence en 109 fragments, disposés à travers le globe.
Selon la prédiction du Cube, les « 3 jours des ténébres » reviendront...

Cette même prophétie se vérifie peu à peu, tout d'abord par la réaparition du Comte Millénaire.
Le Vatican prît alors les mesures nécessaires, en créant la Congrégation de l'Ombre, ayant pour but de rechercher les 109 fragments de l'Innocence.

Parmis ces 109 Innocences, le Coeur est celle qui peut détruire toutes les autres.
La guerre fait rage, pour retrouver ce coeur et l'ensemble des Innocences ...